Édouard Joubeaud connaît sa première expérience de cinéma sur Jacquot de Nantes d’Agnès Varda, film dans lequel il interprète le rôle de Jacques Demy enfant.
Il réalise par la suite des œuvres documentaires à Madagascar (Mavokely, Les charbonniers) et produit des créations scéniques en collaboration avec des auteurs de la diaspora malgache telles que Le Prophète et le Président de Raharimanana en 2005.
En 2007, il se rapproche de l’UNESCO et prend en 2012 la direction éditoriale de Femmes dans l’histoire de l’Afrique. Primé en 2014 par ONU Femmes, ce programme vise à mettre en lumière, à travers des bandes dessinées et des films, le rôle de figures féminines dans l’histoire du continent.
En 2018, inspiré par l’univers d’une famille du Sud de Madagascar, il réalise son premier long-métrage, Haingosoa, qui reçoit en 2020 le prix du Meilleur film au Festival international de Harlem.